تمكيناً للهيئة في تحقيق أهدافها الرامية إلى تعزيز إنتاج الغذاء وتطوير القطاع الزراعي في الوطن العربي خاصة في ظل المستجدات الإقليمية والعالمية البيئية والتقنية والاقتصادية تتبع الهيئة توجهات جديدة في اختيار المشروعات ، وتبعاً لذلك تركز في اختيارها للمشروعات على الآتي :

• مشروعات ترتكز على مفهوم الإنتاج الزراعي الكبير وتتسم بالتأثير المباشر في تعزيز الأمن الغذائي الكمي والنوعي.
   

• مشروعات ذات ميزة في تحقيق التكامل بين الإنتاج والتصنيع الزراعي سواء كان ذلك ضمن الدولة الواحدة أو بين الدول الأعضاء.
   

• مشروعات تستند على تطبيق الحزم التقنية المتكاملة والملائمة في كافة العمليات الزراعية أو التصنيعية.
   

• مشروعات ترتكز على تطبيق مفهوم الميزة النسبية في تحقيق التكامل الزراعي بين الدول الأعضاء.
   

• مشروعات تتسم بالريادة في تطبيق أنماط الإنتاج الزراعي المتطور لتستنير وتحتذي بها الفعاليات الاستثمارية الزراعية الأخرى.